На 5 август 1899 година, с финансовата подкрепа на детройтския магнат от дървообработващата промишленост Уилям Мърфи, Форд напуска Едисън Илюминейтинг и основава Детройтската автомобилна компания. Произведените автомобили са с по-ниско качество и по-висока цена от очакванията и през януари 1901 година дейността компанията е прекратена.
С помощта на Чайлд Уилс до октомври 1901 година Форд създава успешен модел с мощност 26 конски сили. След този успех Мърфи и някои други бивши инвеститори в Детройтската автомобина компания основават на 30 ноември 1901 година нова фирма, Хенри Форд Къмпани, като Форд става главен инженер. Мърфи довежда като консултант в компанията Хенри Лийланд, в резултат на което Форд напуска през 1902 година, а фирмата е преименувана на Кадилак.
Форд получава подкрепата на своя стар познат Аликзандър Малкъмсън, търговец на въглища от Детройт и двамата създават дружеството за производство на автомобили Форд енд Малкъмсън. Форд се заема с разработването на евтин автомобил, като двамата наемат производствени помещения и сключват договор за доставка на части с предприятието на братята Джон Франсис Додж и Хорас Елджин Додж.
Първоначално продажбите не потръгват и предприятието е изправено пред криза, когато трябва да плати на Додж първата доставка. Тогава Малкъмсън привлича нова група инвеститори и убеждава братята Додж да приемат дял от фирмата срещу вземанията си от нея. На 16 юни 1903 година Форд енд Малкъмсън е преобразувана във Форд Мотър Къмпани, дружество с капитал 28 хиляди долара. Сред основателите му са Форд и Малкъмсън, братята Додж, чичото на Малкъмсън Джон Грей, адвоката Хорас Ракам и бъдещия сенатор Джеймс Каузънс.
Форд прави демонстрация на новоконструиран модел върху леда на езерото Сейнт Клеър, изминава една миля за 39,4 секунди и подобрява световния рекорд за бързина, достигайки скорост от 147 km/h. Убеден от този успех, състезателят Барни Олдфийлд дава на модела името 999, в чест на известен локомотив, и предприема демонстрационна обиколка с него из цялата страна.
